In the year Regild Century 1014, an entire millennium has passed since the end of the fabled Universal Century, where legends like Amuro Ray and Char Aznable ruled the battlefield as ace mobile suit pilots. The Earths surface that was once hotly contested is now mostly abandoned, with humanity preferring to live in space colonies and the surface of the moon.
Những cô gái sống tại một thành phố nhỏ đã thực hiện một nghi thức đặc biệt. Họ là những cô nàng đến từ câu lạc bộ Crystal Radio - một câu lạc bộ thú vị, nơi cô nàng Asuka Tsuchimiya dành những ngày tháng vui tươi bên bạn bè mình.
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Câu chuyện của game xoay quanh một chàng trai tên Aoba sóng cùng với bà của cậu trên hòn đảo Midorijima. Cậu ta làm việc tại một cửa hàng phế liệu tại khu phố trước đây từng là khu dân cư, sau khi Toue xây dựng khu nghỉ mát Platinum Jail trên danh nghĩa Midorijima và đẩy cư dân ra khỏi hòn đảo.
Theo truyền thuyết trong thời kỳ cổ đại xa xưa - khoảng 2000 năm trước Công Nguyên - khi loài người còn hoang sơ man dại, có một chủng tộc người ba mắt không biết xuất hiện từ đâu trên trái đất. Nền văn minh của họ thật rực rỡ, đạt được những thành tự khoa học kỹ thuật đáng kinh ngạc, thậm chí những phát minh của họ được người thời nay xem là huyền thoại. Bỗng, một ngày nọ, chủng tộc người ba mắt đột ngột biến mất, cũng kỳ lạ như khi họ xuất hiện. Chỉ còn để lại một số di tích đến tận ngày nay.