câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Câu chuyện xoay quanh Chiari, một nữ sinh cấp 2 sống trong một thế giới nơi mà con người và những thú cưng đá quý (Jewelpets) sống chung và học tại Học viện Jewel
Câu chuyện xảy ra tại tương lai nơi đế chết Garrufa đang cố gắng xâm chiếm trái đất. Và người trái đất đã thiết lập nên 1 tổ chức mang tên GEAR cùng với sức mạnh của siêu vũ khí Dendoh nhằm bảo vệ trái đấu.
After Niche carries the wounded and stunned Lag back to the Bee Hive, the Letter Bee finally begins to piece the puzzle together. Now he knows whats happened to Gauche, why the Marauders are so focused on stealing mail and the actual intent of the group controlling both, Reverse. However, when hes forbidden to reveal the truth, Lag is soon forced out of the artificial sunlight and back into the world of perpetual night.
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.