Suzume, một cô gái 17 tuổi sống trong một thị trấn yên tĩnh ở Kyushu, bắt gặp một thanh niên đi du lịch nói với cô rằng "Tôi đang tìm một cánh cửa". Cô theo sau anh ta và phát hiện ra một cánh cửa phong hóa trong đống đổ nát trên núi, như thể đó là thứ duy nhất còn sót lại sau khi sụp đổ
Sau khi bị đe dọa tính mạng và những hành vi bắt nạt khác trên mạng, Kaede Azusagawa đã có một phá vỡ phân ly dẫn đến mất trí nhớ hoàn toàn
Vào một ngày nóng nực ngay trước kỳ nghỉ hè, tất cả học sinh nam năm thứ nhất của lớp hai từ một trường trung học cơ sở đều biến mất. Có phải là một tai nạn? Một vụ bắt cóc nhóm? Trên thực tế, họ đã trốn trong một nhà máy bỏ hoang gần sông, và sử dụng nó như một khu vực giải phóng để nổi dậy chống lại người lớn.
Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.
Suzu, một nữ sinh trung học 17 tuổi, mất mẹ từ khi còn nhỏ vì một tai nạn và hiện cô đang sống ở một thị trấn nông thôn không dân cư với cha mình. Suzu tìm hiểu về “U”, một thế giới ảo. Cô tham gia “U” với một avatar tên là BELLE.