The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Lights old lab and based several designs off of Dr.Lights original, called "Megaman X." X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of General Sigma. It is their job to terminate rogue reploids, those who have become violent.
Thế giới năm 20xx, con người đã có thể dùng mạng máy tính siêu cấp, máy tính đã giúp thế giới có một thiên đường giải trí riêng. Nhưng ở đâu cũng có 2 mặt, một tổ chức phá hoại tên là "World Three" thề sẽ phá hủy nền công nghệ này. Bộ phim được xây dựng dựa trên tựa game Megaman Battle Network của Capcom và manga cùng tên. Nhân vật chính của chúng ta, Hikari Netto, một học sinh lớp 5, cùng với đồng hành của mình là Rockman, cùng nhau bước trên con đường dài chống lại tổ chức phá hoại World
Trong những năm 220X, thế giới đẩy mạnh phát triển công nghệ sóng radio, và kết nối với nhau qua các Wave Road (đường truyền sóng). Hoshikawa Subaru, một học sinh lớp 5, mất cha trong một tai nạn ngoài vũ trụ, cậu đã gặp một người ngoài hành tinh có thân thể là sóng radio tên là War-Rock, đến từ hành tinh FM. Hai người hợp thể với nhau thành Rockman và chiến đấu chống lại những người FM âm mưu phá hủy Trái Đất.