Yanagi Yukito là một cô nhi - một hôm trời quang mây tạnh, cô đã gặp được một gã đệ tử kỳ dị của cha mình. Người đàn ông lạ lùng đưa cậu đến quê hương của mình trên đảo Ayakajima, gồm 7 hòn đảo với những sinh vật bí ẩn được gọi là "Mitama" và cũng tại đây được đồn đại cho rằng có rồng sinh sống.
Câu chuyện lấy bối cảnh năm Chân Lịch 71, khi 70% loài người sống ngoài không gian do sự phát triển của các thành phố trên vũ trụ. Đứng giữa 2 thế lực lớn — Liên Bang Hiệp Định Quân Sự Dorssia và Atlantic Ring United States (ARUS - Hợp Chủng Quốc Vành Đai Đại Tây Dương) — là một quốc gia nhỏ trung lập mang tên JIOR rất phát triển về kinh tế. Nhân vật chính Haruto, một học sinh trung học sống tại JIOR, tình cờ bắt gặp vũ khí
MARS RED diễn ra vào năm 1923 và lúc này, ma cà rồng (vampire) đã tồn tại được rất lâu. Nhưng bây giờ, số lượng vampire đang gia tăng nhanh chóng và một nguồn máu bí ẩn có tên là Ascra đã xuất hiện.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Theo truyền thuyết trong thời kỳ cổ đại xa xưa - khoảng 2000 năm trước Công Nguyên - khi loài người còn hoang sơ man dại, có một chủng tộc người ba mắt không biết xuất hiện từ đâu trên trái đất. Nền văn minh của họ thật rực rỡ, đạt được những thành tự khoa học kỹ thuật đáng kinh ngạc, thậm chí những phát minh của họ được người thời nay xem là huyền thoại. Bỗng, một ngày nọ, chủng tộc người ba mắt đột ngột biến mất, cũng kỳ lạ như khi họ xuất hiện. Chỉ còn để lại một số di tích đến tận ngày nay.