Hai năm đã trôi qua kể từ ngày bác sĩ phẫu thuật Jin Minakata bị cuốn vào dòng xoáy của thời gian trở về với thời đại Edo. Lúc này, một căn bệnh hiểm nghèo đang hoành hành toàn nước Nhật.
Đây là bộ phim tài liệu có giá trị và được thực hiện trong vòng 5 năm, từ năm 2002 đến cuối năm 2006. Năm 2001, BBC phát sóng phim tài liệu The Blue Planet nói về lịch sử tự nhiên của đại dương. Bộ phim nhận được rất nhiều lời khen ngợi, tỷ lệ người xem cao và được trao nhiều giải thưởng truyền hình.
Kindaichi Hajime là cháu trai của nhà thám thử lừng danh Kindaichi Kousuke. Cậu ấy trông có vẻ ngớ ngẩn, nhưng mỗi khi có vụ án, cậu lại tìm ra lời giải với khả năng suy luận sắc bén được thừa hưởng từ ông nội. Kindaichi tham gia một câu lạc bộ bí ẩn cùng người bạn nối khố và cũng là bạn cùng lớp, Nanase Miyuki, và đàn em Saki Ryuji.
Homonji Sharaku (Yuji Oda) là con trai trưởng của một gia đình thiên tài nghiên cứu về tội phạm hàng thế hệ. Con trai trưởng của gia đình Homonji là Homonji Sharaku, anh có chỉ số IQ là 246.
Một ngọn núi lửa phun trào, và khu vực này sẽ được sơ tán. Không ai ngoại trừ một cậu bé biết một con quái vật đang trốn ở sườn núi. Kaito, một tình nguyện viên, vô tình có được một sức mạnh mới, trong khi mối đe dọa khác được phát hiện. Người khổng lồ là ai?