hành trình leo lên đỉnh một tòa tháp bí ẩn của nhân vật chính – Bam 25th để tìm lại người bạn thân Rachel của mình. Trong cuộc phiêu lưu nguy hiểm nhưng cũng vô cùng thú vị này, Bam 25th đã gặp gỡ nhiều người bạn mới và đối đầu với không ít đối thủ mạnh mẽ. Trải qua những thử thách không tưởng ở mỗi tầng, bí mật về chính Bam 25th và tòa tháp dần được hé lộ.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.
Cậu bé Echizen Ryoma từ Mỹ trở về Nhật và được bố cậu, tay vợt nổi tiếng Echizen Nanjiroh cho vào học ở học viện Seishun, hay viết tắt là Seigaku (cũng là nơi mà ông đã từng theo học). Ở đây cậu tham gia vào câu lạc bộ tennis nổi tiếng Seigaku, đội tennis của trường rất mạnh và có nhiều tay vợt tài năng.
Câu chuyện kể về anh chàng Yugo, một chuyên gia thương thuyết với mức độ thành công lên đến 99%. Trong phần đầu, anh sẽ phải đàm phán với những tên khủng bố đã bắt cóc một doanh nhân Nhật, câu chuyện diễn biến rất hấp dẫn tại Trung Đông. Trải qua giam cầm, tra tấn, cuối cùng anh đã gặp được trùm khủng bố.