Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Câu chuyện kể về một cô gái tình cờ gặp một chàng trai với một mớ nhạc cụ khác thường. Cuộc gặp gỡ tình cờ này chính là giữa một nữ ca sĩ đầy hi vọng và một người chơi shamisen – loại nhạc cụ 3 dây truyền thống của Nhật Bản. Hai số phận đã được gắn kết lại với nhau bằng âm nhạc.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
Câu chuyện kể về một thế giới nơi đột nhiên lục địa mới tên là Magmell đột nhiên xuất hiện trong đại dương. Một kỷ nguyên khai phá mới được mở ra. Các nhà thám hiểm đã đến hòn đảo này để tìm ra các dạng sống và tài nguyên chưa được biết tới trước đó và bộ truyện sẽ kể về chàng trai trẻ tuổi kiếm sống bằng nghề cứu trợ và giúp đỡ các nhà thám hiểm này
Kể về cuộc phiêu lưu của Kino qua các quốc gia khác nhau (Kino là con gái đấy xem phim này mà không khéo là sẽ bị nhầm ngay) cùng với người bạn là chiếc Motor có tên là Hermes biết nói của mình. Mỗi quốc gia Kino đi qua đều có những truyền thống khác nhau và rất thú vị ở chỗ là có những truyền thống hết sức lạ đời hoặc hết sức là là tốt đẹp. Mời các bạn thưởng thức rồi sẽ rõ.