Sau trận chiến với Doakuder tại Soukaizan (“khác” thế giới mà các cầu vồng đã biến mất vì các quỷ dữ), một thế giới quỷ ma quỷ đến Genseikai (thế giới của con người) và đã ăn cắp lương tâm của Wataru. Do đó, trái tim của Wataru của công lý và những kỷ niệm của mình là Kyuuseishu (đấng cứu thế giới) đã biến mất.
Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.
Nhân vật chính Kiba là Zed, 1 cậu bé 15 tuổi sống tại nơi được gọi là "Calm". Cậu ấy cảm nhận được có nơi khác phù hợp với cậu hơn. Và vào 1 ngày nọ, cậu được 1 làn gió bí ẩn đưa vào thế giới khác, nơi mà các pháp sư gọi là "Ngọc Sư" triệu hồi các Tinh Linh để chiến đấu.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle). Nhưng cậu đã không thể hoàn thành được vì mảnh chính của trò chơi bị Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi) ném