Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Câu chuyện về một cô thiếu nữ tên Lucy Heartfilia, khao khát của cô là gia nhập Hội Pháp sư nổi tiếng Fairy Tail. Trên đường phiêu lưu, Lucy đã vô tình gặp gỡ Natsu "Salamander" Dragneel, một thành viên của Fairy Tail, người sở hữu pháp thuật cổ đại Sát Long. Thế rồi Lucy được Natsu giới thiệu vào Hội Pháp sư Fairy Tail và cùng anh chàng này tham gia vô số nhiệm vụ khó khăn nhưng cũng không kém phần thú vị.
Mistarcia is a magical world where humans, gods, and demons mingle together. In the past, the black-and-silver winged Bahamut has threatened to destroy the land, but humans, gods, and demons overcame their differences to fight together and seal its power. The key to that seal was split in two, one half given to the gods and the other to demons, so that they would never be united and Bahamut never released. Now, two thousand years later, the world is in an era of peace—until the day a woman steals the gods half of the key.
Câu chuyện xoay quanh về kinh doanh thẻ game Ange Vierge theo như những gì xảy ra sau khi các cánh cổng “Hairou” đột nhiên mở ra, gộp 3 thế giới lại với nhau. Kết quả là, nhiều bí ẩn “Exceed” quyền hạn được đánh thức ở các bé gái tuổi teen.