Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Pokémon được hãng Nintendo cho ra đời vào năm 1996 nhằm phục vụ cho trò chơi xách tay phổ biến nhất của họ: Game Boy. Và được phát hành lần đầu tiên ở Nhật Bản. Cái tên đầu tiên được đặt ra cho Pokémon là “Poketto Monstaa” là phát âm tiếng nhật của “Pocket Monster – quái vật bỏ túi” và sớm được người Nhật Bản rút ngắn lại thành “Pokémon”. Một nhà thiết kế game người Nhật là Satoshi Tajiri đã nảy ra ý tưởng và làm nền móng cho Pokémon nhờ những ký ức thời xa xưa của ông khi còn nhỏ vẫn hay tìm
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.