Con người đã tạo ra nhiều câu chuyện. Niềm vui, nỗi buồn, tức giận, cảm xúc sâu sắc. Câu chuyện cảm xúc của chúng tôi, và làm chúng tôi say mê. Tuy nhiên, đây chỉ là ý nghĩ của người ngoài cuộc. Nhưng nếu những người trong câu chuyện có "ý định"?
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Sakura nay đã 14 tuổi và bắt đầu đi học Trung học cùng với bạn bè, trong đó có Syaoran, người vừa trở về Tomoeda. Sau khi trong giấc mơ xuất hiện một người mặc áo choàng bí ẩn, tất cả những lá bài của Sakura trở nên trống rỗng và trở nên vô dụng, và vì thế cô bắt đầu nhiệm vụ đi điều tra đã có chuyện gì xảy ra.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại
Trò chơi nguy hiểm vẫn tiếp tục sau nhiều biến cố cực kỳ ly kỳ, liệu Ruuko có sử dụng Iona, liệu Ruuko có thể gặp lại Tama, liệu cả 3 người Yuzuki, Hitoe và Ruuko có thể trở lại được như lúc trước