Câu chuyện bắt đầu khi 30,000 Game thủ Nhật Bản bị kẹt lại trong thế giới Elder Tale. Thế giới của đao kiếm và phép thuật nay đã trở thành hiện thực đối với họ. Câu chuyện là cuộc phiêu lưu của nhân vật chính Shiroe cùng người bạn cũ Naotsugu và nữ sát thủ xinh đẹp Akatsuki.
Câu chuyện xoay quanh một cô bé tên là Sana, người là một trong những đứa trẻ nắm giữ sức mạnh của "Giấc mơ của Alice", một khả năng cho phép cô thực hiện bất cứ điều gì cô tưởng tượng. Sau khi thoát khỏi phòng thí nghiệm nơi cô ấy là một đối tượng thử nghiệm, Sana kết thúc trong một thế giới bình thường, nơi cô gặp một người đàn ông tên là Zouroku, nhưng anh ta sẽ giúp cô ấy chứ?
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Tomozaki là một trong những game thủ giỏi nhất Nhật Bản và theo quan điểm của cậu, trò chơi đời thực là một trong những thứ dở nhất. Không có quy tắc rõ ràng để thành công, sự cân bằng khủng khiếp và chả có ý nghĩa gì. Nhưng sau đó, cậu gặp một game thủ cũng giỏi như mình và cô ta đề nghị dạy cho cậu một vài thứ về game mà cậu chưa biết.
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá