Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Ở thành phố Fukuoka, nhìn bên ngoài thì là một thành phố yên bình, nhưng tội ác lại diễn ra trong thế giới ngầm. Ở quận Hakata của thành phố, có một nhóm người có tài năng đặc biệt, bao gồm, sát thủ chuyên nghiệp, thám tử, buôn thông tin, và một người chuyên đi báo thù.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Saiki Kusuo có một mảng rộng của các siêu cường tại lệnh của ông, trong đó có thần giao cách cảm và Telekinesis. Điều này có vẻ tuyệt vời, nhưng theo kinh nghiệm của Kusuo, siêu cường là không phải tất cả họ đang nứt lên được. Anh ta cố gắng sống một cuộc sống bình thường, mặc dù khả năng gây phiền nhiễu mình.
Ren Nanahoshi là một sinh viên đại học cô đơn, không giỏi giao tiếp với người khác. Anh nhớ cảm giác hồi hộp khi xem một ban nhạc sống biểu diễn khi anh còn trẻ, và dành phần lớn thời gian để tìm kiếm bản sắc của chính mình. Một ngày nọ, khi hát karaoke một mình, hai cậu bé tên Yuuto và Wataru phát hiện ra khả năng ca hát của Ren.