Tiếp tục season1. Tóm tắt ss1: Câu chuyện bắt đầu khi 30.000 game thủ Nhật Bản bị giam cầm trong game thực tại ảo mang tên là Elder Tale. Nơi từng là “Thế giới của kiếm và ma thuật” giờ đây đã trở thành thế giới thật. Nhân vật chính là Shiroe đang cố gắng sống sót trong thế giới này cùng với người bạn cũ Naotsugu và ninja Akatsuki. Ngoài ra Nyanta là một người chơi bí ẩn với ngoại hình của một con mèo.
Câu chuyện lấy bối cảnh trong một thế giới thống trị bởi thần linh và quái vật, nơi con người bị hãm ép và phải lui vào đường tuyệt diệt. Trong một khu rừng của golem, người cai quản khu rừng và một cô gái loài người nhỏ bé đã gặp nhau. Và chuyến phiêu lưu của người cha nuôi cùng cô con gái của mình đã bắt đầu như thế.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Hyperactive Excel làm bất cứ điều gì và mọi thứ để cố làm hài lòng chúa tể, Il Palazzo, người muốn tiếp nhận hành tinh. Những cuộc mạo hiểm của Excel đòi hỏi cô và người bạn đời của cô, Hyatt đầy mê hoặc trên toàn thế giới, gặp gỡ những người lạ mặt khi họ đi. Mọi thứ đều kỳ quặc và ngốc nghếch, như bất kỳ loại anime hay thể loại giải trí nào đều bị chế giễu và giả mạo.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra