Có thể xem là tiếp nối câu chuyện của phần Kai, sau khi nhóm bạn của chúng ta đã phá được vòng lập số phận của năm Showa thứ 58. Tưởng như tất cả đã kết thúc thì một lần nữa, bi kịch lại xảy ra
Câu chuyện xoay quanh các cuộc chiến giành Platonic Heart. Vì có tin đồn ai có thể lấy được Platonic Heart thì sẽ được đáp ứng mọi điều ước. Nhưng không biết vì sao chỉ giới hạn cho nữ giới. Để có được Platonic Heart. Isashima Aya vô tình bị kéo vào cuộc chiến để điều ước của mình thành hiện thực, chiến đấu trong những cuộc chiến vô tình và không hề có một luật lệ. Liệu rồi ai sẽ là người giành được Platonic Heart.
bối cảnh 10 năm trước Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ 5 trong Fate/Stay Night với nhân vật chính là Emiya Kiritsugu (Cha nuôi của Shirou) và Irisviel von Einzbern (mẹ của Ilya). Cuộc đối đầu giữa 7 Master cùng 7 Servant được triệu hồi đến thế giới thực với mong muốn chạm tay vào Chén Thánh.
Following the everyday lives of four high school girls: the flighty Run, the reckless Tooru, the timid Yuuko, and the level-headed Nagi. Mountain of Pancakes Kitou-sensei injures her hand during class and has to deal with it while Tooru brings cat Tansan to school with her to meet Yutaka and Miho. Later, the girls decide to get pancakes at a café where Miho happens to be working, facing trouble when Yutaka shows up out of the blue.
Yuuto and Haruka are looking forward to spending time together on a school trip. However, Shina finally works up the nerve to tell Yuuto she has feelings for him. This event drives a wedge between Haruka and Yuuto and forces them to confront how they feel.