Bác sĩ Ido, một bác sĩ và một thợ cơ khí sống và làm việc ở nơi tận cùng của thế giới, bãi rác thải hậu tận thế, đã vô tình phát hiện ra một nữ chiến binh cực kỳ mạnh mẽ, mất trí nhớ trong một đống rác phế liệu.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Từ xa xưa, vùng đất này là nơi sinh sống của những con thú có kích thước bằng ngọn núi giờ đã hóa đá. Mana tràn ra từ phần còn lại của họ, thu hút những người tìm kiếm sức mạnh của nó và các nền văn minh mọc lên. Mọi người đến để tôn kính những sinh vật sản xuất mana này, mà họ đặt tên là Những con thú nguyên thủy
Thanh niên nhân vật chính đang sống yên ổn cùng với người chị và dân làng. Đùng cái một đám Goblin tấn công làng với khẩu hiệu Diệt trai hiếp gái, dĩ nhiên thằng main núp trốn nhìn chị nó bị hành hạ. Sau này thù quá hóa hận luyện Quỳ Hoa Bảo Điển lên và mỗi hành Goblin đến mức có luôn nick name vô cùng ngầu là Kẻ thảo phạt Goblin.
Lấy bối cảnh tại một thành phố tên Sugomori, Sonosaki và Katsuhira kết nối với nhau bằng hệ thống Kizuma. Những người liên kết với nhau gọi là Kizmaiver, và đây là câu chuyện của những Kiznaiver.