Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Alice Sakaguchi từng mơ thấy mình là một người khác sống trên mặt trăng. Giấc mơ quá lạ và thật đến nỗi Alice không thể ngừng nghĩ về nó. Cô ấy phát hiện ra rằng một số bạn cùng lớp của cô ấy cũng đang có cùng một giấc mơ.
Câu chuyện khởi đầu ở một tương lai xa, khi Trái Đất đã bị ô nhiễm đến không thể sinh sống, con người đã quyết định rời quê hương để di dân vào vũ trụ
Năm 2005, một virus máy tính được gọi là Pluto Kiss đã tắt và hạn chế một cách hoàn toàn mạng lưới Inteet toàn cầu. Năm 2007, sau khi hủy bỏ mạng lưới rộng lớn, 1 game MMORPG mang tên The World được phát hành.Tsukasa đột nhiên tỉnh dậy và thấy mình đang ở trong The World.