Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
Nhà phát minh thiên tài Null đã bị mất đi người chị gái thân yêu Peta trong một vụ tai nạn. Để vượt qua nỗi đau, Null đã phát triển "Peta Robo", một robot có đặc điểm giống như người chị đã mất của cô. Tuy nhiên, robot có một chút khác biệt so với những gì Null mong đợi.
Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Câu chuyện là một dòng chảy của số phận và cuộc chiến bảo vệ thế giới đi theo con đường lẽ phải. Aladin, nhân vật chính của bộ phim, đã đặt ra mục tiêu khám phá thế giới sau khi gần hết quãng đời mình bị mắc kẹt trong một căn phòng. Người bạn thân nhất của cậu ta là cây sáo và linh hồn của lửa mang tên Ugo. Chẳng bao lâu sau, Aladin phát hiện ra mình là một Magi, một nhà ma thuật có quyền chọn vua, và cậu ấy được sinh ra để lựa chọn các vị vua, những người sẽ đi theo con đường chân chính, chiến
bắt đầu bằng việc Sheryl Nome một cô ca sĩ nổi tiếng trong vũ trụ tới Macross Frontier biểu diễn. Ranka Lee một cô bé hoạt bát rất hay cười và có một giọng hát kì diệu nhưng lại không bao giờ hát cho người khác nghe và cô bé không nhớ gì về thời thơ ấu của mình rất hâm mộ Sheryl.