Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình...
Khu rừng nơi loài chó gấu trúc ở Tama Hills sinh sống đang bị sự phát triển của loài người đe dọa. Chúng quyết định chống lại bằng cách sử dụng một phép thuật cổ xưa để biến hóa thành các vật thể, thậm chí biến thành cả con người.
Một đài truyền hình ở Osaka đột ngột phát nổ. Conan và nhóm bạn hoang mang không rõ mục đích của hung thủ. Sự xuất hiện của nhân vật mới Ooka Momiji càng khiến họ trở trở nên bối rối: cô nàng tự xưng là vị hôn thể của Heiji Hattori và là nhà vô địch giải đấu Karuta (một trò chơi thẻ truyền thống của Nhật Bản) Mặt khác, quán quân của giải Karuta tại Kyoto liên tiếp bị sát hại trong 2 năm liền.
Cả 3 phái Ninja dù vô tình hay hữu ý đều có được vé đi spa resort, gác lại mọi tình thù ân oán, mọi người đều vui vẻ với nhau. Nhưng liệu điều đó có đơn giản như vậy…
1 năm sau cuộc đảo chính, tình hình Vương Quốc nay đã trở lại bình thường, người dân háo hức đón chờ Lễ Kỉ niệm 1 năm của hệ thống ACCA mới. Đã 1 năm trôi qua đi, ai cũng đã thay đổi, Lotta giờ đây phải đứng trước lựa chọn của tương lại, Jean thì dẫn dắt lớp nhân viên mới, còn Nino đã tìm được hướng đi của cuộc đời mình.