Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Câu chuyện xoay quanh Kakeru Aizawa, em trai của Suguru. Suguru là đội trưởng trường bóng đá Kamakura. Trong khi Suguru có tài năng trong bóng đá và anh là một thành viên trong đội quốc gia của Nhật Bản khi chưa đầy 15 tuổi. Kakeru quá yếu ở môn thể thao này mà cậu có biệt danh “Người không ghi bàn”. Tuy nhiên, cuộc sống của Kakeru bắt đầu thay đổi sau một tai nạn bi thảm
Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
Có một sinh vật tà ác được gọi là Aratama tấn công mọi người, và một nhóm Miko đang diệt trừ những sinh vật đó bằng cách sử dụng kiếm từ thời cổ đại. Những người mặc đồng phục và kiếm được gọi là Toji, người được chính thức gọi là Tokubetsu Saishi Kitoutai (Đội Đặc nhiệm Nghi thức Ritual) trong hiệp hội cảnh sát. Họ chính thức được chấp thuận sử dụng thanh kiếm của các quan chức chính phủ.