Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Câu chuyện kể về cô bé Yuuko Yoshida, 15 tuổi. Một buổi sáng nọ, cô bé đã thức tỉnh sức mạnh quỷ dữ của mình và cô được giao cho nhiệm vụ là đánh bại một cô gái pháp thuật gần nơi cô ở. Yuuko mọc cả sừng và đuôi, như một con quỷ thực thụ, thế nhưng sức mạnh của cô còn yếu hơn cả một người bình thường?! Cô đang vật lộn để xóa bỏ lời nguyền khiến cô mất 40.000 yên mỗi tháng… Hẳn đây là nàng quỷ ăn nhiều “hành” nhất thế giới rồi!
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là