Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Đột ngột rơi vào cảnh mồ côi, cậu bé chiến đấu với kẻ sát hại cha mẹ mình nhằm cứu lấy một hành tinh và khám phá thế giới mới đầy hiểm nguy nhưng cũng hết sức diệu kỳ.
Truyền thuyết kể rằng, trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với một loại virus cực kỳ nguy hiểm. Thế giới lầm than, quốc gia loạn lạc, giữa lúc nước sôi lửa bỏng, một đấng cứu thế thằng ngốc với cái tên "Rentarou" cùng cộng sự của mình - cô bé Enju loli - sẽ xuất hiện với những khả năng bí ẩn hứa hẹn sẽ giúp loài người chống chọi lại thứ virus nguy hiểm ấy
Hibino Kafka một thanh niên vốn bất mãn với việc làm tại công ty vệ sinh chịu trách nhiệm xử lí xác kaiju.
500 năm trước một đứa trẻ dị giáo được mang lên thiên đình và giao vào tay Konzen Douji chăm sóc, tại đây Goku – đứa trẻ ấy đã tìm được những người bạn thật sự của mình. Khi chứng kiến Nataku chết trước mặt, Goku đã nổi điên và giết hết tất cả binh lính của thiên đình có mặt tại nơi đó.