kể về việc sau khi Tsubasa di chuyển từ São Paulo (Brancos trong anime) để Barcelona (Catalunya trong anime), Kojiro Hyuga được mua bởi Juventus (FC Piemonte trong anime). Tsubasa chơi rất tốt trong đào tạo, hiển thị tất cả các kỹ năng của mình, nhưng huấn luyện viên người Hà Lan Van Saal (Edward trong anime, lấy cảm hứng từ Louis van Gaal
Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên