Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
Sau khi 12 Vị Thánh Vàng hy sinh mạng sống của mình để phá hủy Bức tường than khóc, Các vị thần Đồng bước vào cõi sâu nhất của Địa ngục, Elysion, nơi họ đối mặt với hai người đầy quyền năng nhất của Hades: Hai vị thần, Hypnos và Thanatos, trước khi họ có thể với Hades cho trận chiến cuối cùng.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Câu chuyện diễn ra trong thành phố Lisvalletta có hai mặt trời, khi nhìn sơ qua thì bạn sẽ thấy đó chính là một thế giới yên bình nhưng bên dưới lớp yên bình giả lập đó chính là một thế giới ngầm đầy rẫy tội phạm và ma túy bất hợp pháp.
Ashito Aoi là một cầu thủ bóng đá trẻ, đầy khát vọng đến từ một thị trấn vùng nông thôn ở Nhật Bản. Hy vọng vào được một trường trung học với một câu lạc bộ bóng đá giỏi đã tan thành mây khói khi anh gây ra một sự cố trong một trận đấu quan trọng cho đội của mình, dẫn đến việc họ bị loại và bị loại khỏi giải đấu