Trong một tuơng lai không xa con người đã thành công trong việc định cư trên vũ trụ với các Colony khổng lồ trên quĩ đạo Trái Đất.Năm bắt đầu xây dựng các Colony được tính là năm After Colony thứ nhất.Trong một khoảng thời gian dài các Colony đã thành công trong việc bảo vệ nên độc lập của mình với Trái Đất
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa,
Không có thành tích bóng đá nào để nói trong suốt những năm sơ trung của Sumire Suo, cô gái trẻ nhận được một lời đề nghị kỳ quặc. Đối thủ chính của Suo, Midori Soshizaki, mời cô tham gia vào cùng một đội ở trường cao trung, với lời hứa rằng sẽ không bao giờ để Suo “chơi một mình”.
nối tiếp sự kiện phần một, bộ phim Những chiến binh Bakugan 2 với tên gọi "Những chiến binh Bakugan 2: hành trình mới" kể về cuộc hành hành trình của Dan, Marucho, Shun và Dragon khi họ bị bỏ rơi ở New Vestroia, một hành tinh được lập ra hoàn toàn dành cho các Bakugan.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên